Bio-informatica - RNAseq expression dataset

11/10/17 13:45
Bon, op hoop van zegen...

Ik moet dus tegen december ergens een taak maken van 5 blz. voor het vak bio-informatica. Normaal is dat groepswerk, maar hoera, ik doe dat alleen. En ik kan daar niks van. De omschrijving is als volgt:

De basis van de taak is een RNAseq expression dataset (kies 1 van mensen, muizen, of vliegen). Deze dataset moet geanalyseerd worden en gecombineerd worden met op zijn minst 1 ander analysetype zoals CHiPseq, motif analysis, microarray,... Ook functionele analyse moet in de taak opgenomen worden.

Ja, voor mij is dat dus Chinees. Ik vrees dat het ook iets redelijk specifiek is dat voor de meerderheid niet te verstaan is, maar ik kan maar proberen. Is er iemand die daar iets van snapt (of dat wilt leren samen met mij haha)? In principe is het allemaal werken met jupyter, maar daar ben ik ook al slecht in. Momenteel ben ik een beetje hopeloos aan het worden en zie ik het nog gebeuren dat ik nooit mijn master haal door dit vak. In ieder geval: Wie wilt helpen, ik vergoed u uiteraard. Stel dat iemand dit een beetje kan gok ik dat dit op 1 dag af is.

Eeuwige dank aan degene die kan helpen (of iemand kent die kan helpen).
11/10/17 13:59
ik ben zo jaloers op u studies, das mega interessant.
11/10/17 14:01
ge zou een sequentie kunne pakken dat geïntroduceerd wordt door en retrovirus, daar is veel publiek over geweten sinds het nieuwsrelevant is.

alsook de ethische tematiek of dat nu menselijk of viraal rna is is super interessant imo.
11/10/17 14:01
Help mij, dan leert ge bij en ik betaal u!
11/10/17 14:03
als ik tijd genoeg had deed ik het gratis, helaas, en ik ken echt maar basic dingen daarover dus dubieus hoeveel hulp ik kan geven.
11/10/17 14:03
maar moest ge ne cursus hebben op pfd ofz wil ik hem wel is doornemen.
11/10/17 19:22
Ge moogt mij ook meer info pm'en maar kga niks beloven, bioinformatica is een bitch.

Moet ge sequences alignen ofzo?
11/10/17 19:38
Klinkt superinteressant! Ik zou gewoon zot googelen, dat doe ik ook meestal als ik vastzit. Ik heb er ff naar gegoogeld, en heb wat papers en discussies gevonden maar weet niet juist wat je nodig hebt. Er was ook een instructievideo op youtube (https://www.youtube.com/watch?v=sxn-sixRVtY), geen idee of dat relevant is. Is de analyse in R of python ofzo?
12/10/17 07:44
Merci allemaal voor de interesse/aanbieding van hulp. Ik heb momenteel contact met een master bio-informatica die mij lijkt te willen helpen (nu hopen dat die mij niet straatarm maakt), maar dat is nog niet zeker. Voor de geïnteresseerden zal ik de eerste stap in pm doorsturen.

Ik vind het echt triestig om te moeten zeggen trouwens, maar ik weet niet of dat R of python is. (Randinfo: ik heb informatica in mijn bachelor aan een andere universiteit gehad en wij gebruikte heel andere programma's waardoor ik nu dus beetje in de problemen zit, naja, en ik ben hier sowieso slecht in.)
12/10/17 22:01
XBMC
Een vriendin van mij is daar in aan het doktoreren aan Leuven. Kan een svragen.
13/10/17 09:45
Merci voor het aanbod! Momenteel heb ik dus iemand (we spreken af in de herfstvakantie) maar stel dat het niet zou doorgaan zal ik u een pm sturen. :p


Om op deze topic te kunnen reageren moet je ingelogd te zijn.